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Convoluted because of inconsistencies here and there and different terminology.

Substances (要素 - is also elements on a broader scheme)

The First: Body
The Second: Soul
The Third: Mind (All the World's Evil)
The Fourth: ??
The Fifth: Ether? (Prologue)

Imaginary Substance (架空要素)

The Sixth: Demons - Formation requires images created by human beings. (Either Ether itself or a type of Ether)
Ether? (Rider vs. Archer; cells in Rider's retina are made up of the 6th)
Seirei? - Actualization requires images created by humans.
Eirei? - Similar to Seirei and Demons.

(Chemical) Elements (元素 as of Fate - In the Rakkyo dictionary and MB apparently these go by 要素)

Wind Fire
Earth Water
Water Wood
Fire Metal
Air (Ether?) Soil

Imaginary Elements (架空元素)

Imaginary numbers

Planes of existence

Physical plane (物質界) - Body 肉体
Etheric plane? (幽世) - Etheric bodies 幽体/霊体
Astral plane (星幽界)- Souls, where the record of what happens in the world is stored. Information can be received from there using the Unified Language. Same thing as etheric plane? Etheric bodies = astral bodies?
Throne of Heroes (英霊の座) - Subsection of astral plane?
Root (根源), 神の座 - Akashic Record

□元素
 「地水火風」の"四大元素"と「空」たる"第五元素(エーテル)"
 五大元素使いのルビが「アベレージ・ワン」であるからには、並の魔術師では
"四大元素"までしか扱えない?
 
 "第五元素(エーテル)"は グノーシス派の言うところの「物質界・エーテル界・
アストラル界・神界」の「エーテル界」に属する"物質"かな?
 "架空元素"は 桜の起源・属性についての言及にしか出てこない。
「(物質界に)実在しない=神(悪魔)レベル(神界)に属する物質」とか。
 
 
□要素
 第一要素  :?? <肉体?
 第二要素  :魂魄
 第三要素  :精神
 第四要素  :?? <妖精?
 第五要素  :?? <精霊?
 第六架空要素:悪魔 <神?
 
 第一要素が物質界、第二要素(魂魄)がエーテル界、第三要素(精神)がアストラル界
第四要素以上は神界に属するとか?
 
 
 
 以下 作品中での言及を引用。
■元素
>どうかしらね。わたしが五大元素で、桜は架空元素だったらしいわ
 
>わたし? わたしは“五大元素”っていう属性だけど?
 
>「そ。普通は世界を構成する一元素を背負うものなんだけどね。
>魔術協会でも火はノーマル、風はノーブルって言われてるじゃない。
>地水火風空でもいいし、木火土金水でもいい。
 
>それ故の五大元素使い(アベレージ・ワン)、魔術協会が特待生として迎え入れようと
>するほどの若き魔術師(てんさい)だ。
 
>だが、もともと桜は遠坂の人間---架空元素、虚数を起源とする影使い。
 
■要素
>目前には肉眼では捉えられぬという第五要素。
 
>この呪いこそが聖杯の中身。我らサーヴァントをこの世に留める第三要素。
 
>故に食事は第二(たましい)、ないし第三要素(せいしん)となる。
 
>視覚情報を伝える網膜の細胞は、億にいたるその悉くが第六架空要素(エーテル)で出来ている。
 
>もしかして貴方、五大要素の扱いとか、パスの作り方も知らない?
 
>悪魔と呼ばれる第六架空要素の実体化には“人々が創造したカタチ”が必要なように、
 
 
■エーテル
>……瞬間的に爆発したエーテルは幽体であるソレに肉を与え、
>実体化したソレは、ランサーを圧倒するモノとして召喚された。